Personaje que desde pequeño tuvo inclinaciones hacia la música, inició sus estudios musicales en su pueblo natal a la edad de diez años, después de vencer la oposición de su padre, bajo la dirección de Alfonso Aguilar Reyes, músico rural y Juez del registro civil. Continuó sus estudios en la escuela de música en la ciudad de Mérida, con un certificado de excelencia, al mismo tiempo trabajando como vendedor ambulante, repartidor de leche y limpiador de zapatos para sostener sus estudios.

En 1917 ingreso al Conservatorio Nacional, donde fue discípulo de Carlos Chávez, Silvestre Revuelta, José Rocabruna, Manuel M. Ponce, Luis G. Saloma, Gerónimo, Baqueiro Foster, Vicente T. Mendoza, Francisco Contreras, Pedro Micheca, Manuel Tello, Candelario Huizar, Ing. Daniel Castañeda, Julián Carrillo, José Pomar y el Doctor Jesús C. Romero.

Poco tiempo después de salir del conservatorio, ingresó al equipo de compositores de la sección de música del departamento de Bellas Artes de la Secretaria de Educación. En 1931 ingresó como Violinista de Orquesta Sinfónica de México. En 1935 fue componente del grupo "Los Cuatro", integrado por: Salvador Contreras, Blas Galindo, y Pablo Moncayo. En ese mismo año, Carlos Chavez estrenó la obra "Tribu" de Daniel Ayala Pérez en la ciudad de México. En 1936 Revuelta hizo lo propio con el poema sinfónico "Paisaje" de dicho compositor yucateco, mientras que éste tocaba para mantenerse en los más disímiles lugares, entre ellos el Salón México.

También estrenó su ballet Uchben X´coholte (en un viejo cementerio).

En 1944 al reorganizarse en Mérida la educación musical, la dirección de Bellas Artes, se establecía dependiente de la Sección de Música y se puso al frente de la Sinfónica de Yucatán al compositor Daniel Ayala Pérez conocido ya como joven de múltiples timbres artísticos y reconocido dentro y fuera de Yucatán por su actuación como fundador de la Orquesta Típica de Yucalpetén. La Orquesta Sinfónica en el teatro Peón Contreras de la ciudad de Mérida, Yucatán, la noche del 15 de noviembre de ese año, alternando como directores: Daniel Ayala Pérez, Gravito y el director huésped José F. Velázquez.

Ayala tuvo sobre sí gran responsabilidad como director de dicha Orquesta Sinfónica, dados los antecedentes gloriosos que acerca del particular habían dejado los maestros vernáculos: Cuevas Pachón, Cetina Gutiérrez, y Sánchez Rejón y el violinista visitante Samuel Marti, que lucharon sin elementos y sin ayuda oficial.

En 1947 fue enviado por la universidad Autónoma Nacional de México como compositor de "El Hombre Maya", a la ciudad de Washington D.C., capital Norteamericana donde se presentó dicha obra con la sinfónica de allí, por el maestro José F. Vázquez, Director huésped ante un público de diez mil oyentes en el escenario flotante "Water Gate" a las orillas del río Potona. Además ese mismo año fue el fundador del Instituto Veracruzano de Bellas Artes del Estado de Veracruz, México.

Entre sus principales obras estan; "Radiograma" "Uchben X'coholte", "Cuatro Canciones", "Danza", "El Grillo", "Cinco piezas Infantiles", "U Kayil Chaac", " Tribu", "Brigada de Choque", "Paisaje", "Panoramas de México", "Sobre la vía", " Cúpulas", "Feria", "Época Precortesiana", "Suite Infantil", "Vidrios Rotos", "Los Yaquis", "El Hombre Maya", "La Gruta Diabólica", etc.

Muchas de sus obras anteriores fueron estrenadas por directores reconocidos como; "Uchben X´ Coholte" ejecutada por primera vez (en su primera versión) por la Orquesta del Conservatorio Nacional de Música, bajo la dirección de Silvestre Revuelta el 15 de octubre de 1993.

"Cinco Piezas Infantiles" estrenadas en al ciudad de México por el cuarteto "Revueltas", el 8 de noviembre de 1937, con motivo del 60 Aniversario del Conservatorio Nacional de Música.

"U kayil Chaac" Tuvo su primera ejecución el 24 de julio de 1934 bajo la dirección de Luis Sandi, en el teatro Hidalgo, México.

"Tribu" su primera ejecución fue el 18 de octubre de 1935, en el Palacio de Bellas Artes, México; con la sinfónica de México bajo la dirección de Carlos Chávez.

"Panorama de México" fue estrenada en diciembre de 1940 por Jacques Singer, con la Orquesta Sinfónica de la ciudad de Dallas Texas, E.U.A.

"El Hombre Maya" fue estrenada bajo la dirección del propio autor con la sinfónica de la universidad de México en el Anfiteatro Bolívar, el 21 de noviembre de 1940.

El maestro Daniel Ayala Pérez es considerado por la crítica musical, como el mejor sinfonista que ha tenido Yucatán.