En la época en que vivió Hipatia, el cristianismo empezaba a expanderse y a tomar fuerza por toda Europa y sus colonias. El imperio romano estaba en pleno apogeo y Alejandría era una ciudad dominada por ellos. Las mujeresestaban sometidas a la autoridad de su padre o de su marido y solamente adquirían derechos cuando alguno de ellos se los otorgaba. En el caso de que no tuvieran ni padre ni marido, quedaban bajo la tutela del estado que no les otorgaba ningún derecho público. Alejandría, por supuesto, no era la excepción.

La ciudad de Alejandría en Egipto, era un centro intelectual y comercial muy importante, además era culturalmente muy rica pues en ella vivían egipcios, romanos, griegos, árabes, sirios, persas y judíos. Había sido creada por el emperador Alejandro Magno quien la había planeado para ser la mejor ciudad del mundo. A la muerte de Alejandro, el emperador Tolomeo heredó Egipto y Alejandría fue la capital de su imperio. Él mismo fundó una escuela que fue la primera universidad tal y como hoy las conocemos. Llevó a trabajar a ella a los mejores filósofos, médicos, astrónomos, poetas, geógrafos y matemáticos de su época y la llamó el MUSEO, palabra griega que significa "lugar donde habitan las musas". La escuela tenía dos bibliotecas, una para uso exclusivo de los académicos, que contaba con 500,000 volúmenes y otra que podía ser consultada por cualquier ciudadano que tenía ¡solamente 43,000 ejemplares! Tenía, además, un centro de historia natural con especies disecadas, un zoológico para el estudio de animales vivos, salas de disección, un jardín botánico, un observatorio, talleres en los que se diseñaban y construían aparatos e instrumentos para facilitar la investigación en astronomía y en geografía patios, salones de estudio, salas de música y cuartos donde los académicos estudiaban, convivían y en algunos casos vivían. Cuando Hipatia nació, el Museo de Alejandría llevaba funcionando siete siglos y el cristianismo, que acababa de convertirse en la religión oficial, estaba a punto de terminar con él, pues representaba "el centro más importante del saber griego" lo que para los cristianos era sinónimo de "saber pagano" que debía ser perseguido y exterminado.

Todos los cargos públicos de aquella época estaban reservados para hombres (aquí es preciso señalar que cuando nos referimos a hombres queremos decir siempre "hombres libres" pues no se nos debe olvidar que la esclavitud estaba permitida), las mujeres estaban excluidas. Hubo, sin embargo, mujeres como Melania, Paola, Eustochia y Macrina que llegaron a ejercer algún puesto de autoridad pública, pero todas ellas tuvieron serios enfrentamientos con los obispos católicos.

En el año 390, Teófilo, el obispo de Alejandría, mandó quemar y destruir todos los templos griegos lo que provocó el levantamiento de gran parte de la población; la sublevación terminó en una terrible matanza. Era claro ya, que el catolicismo no iba a permitir que la inteligencia y la cultura griega siguieran floreciendo y la única manera de acabar con ella o por lo menos de mantenerla lejos de la vida de los ciudadanos (ahora cristianos) era matando a sus defensores. El único lugar en donde la cultura siguió creciendo fue precisamente en el Museo de Alejandría, pues se había hecho ya famoso en muchos lugares y sabios de todo el mundo venían a trabajar en él, fue quizás por eso que durante algunos años los cristianos no se atrevieron a tocarlo aunque los que ahí vivían e investigaban sabían que estaban viviendo los últimos años de ese gran centro de conocimiento.

En el año 412 El patriarca cristiano Cirilo quien era uno de los máximos representantes del fanatismo católico empezó a perseguir y a matar judíos; por otro lado Orestes quien era el gobernador de Alejandría defendía lo que aún quedaba de la cultura griega y a la comunidad judía. A Cirilo lo apoyaban los egipcios y los esclavos que encontraban en el cristianismo una manera de volverse hombres libres, a Orestes lo seguían todos los que pensaban que la cultura griega encontraría la muerte en manos del cristianismo; fue una época muy difícil desde el punto de vista político y religioso y una de las muchas consecuencias que tuvieron los enfrentamientos de Orestes y Cirilo fue que este último mandó quemar y destruir el gran Museo de Alejandría. Desaparecieron miles de ejemplares de una de las más grandes bibliotecas que jamás hayan existido, desaparecieron también los animales vivos y disecados, los aparatos, los instrumentos de medición, los instrumentos musicales, los grandes salones, las fuentes, los patios. Los académicos que ahí trabajaban fueron perseguidos y en algunos casos asesinados, Hipatia, quien había sido la directora del Museo los últimos años, fue linchada en el año 415 y su cuerpo desnudo fue arrastrado por las calles de Alejandría. El pensamiento griego no podía ser tolerado, pero no lograron desaparecerlo, se quedó escondido y esperando en los manuscritos y en las mentes de algunos filósofos y científicos para que novecientos años más tarde los hombres y mujeres del Renacimiento volvieran a sacarlo a la luz.

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