En forma independiente la compañía Sinclair entabló negociaciones con el gobierno mexicano. Para octubre de 1939, las pláticas avanzaron lenta pero firmemente, y ambas partes fueron encontrando un terreno de acuerdo cada vez mas amplio.

El 1° de mayo se firmó el documento por medio del cual se indemnizaba al grupo Sinclair con una suma total que oscilaba entre los 13 y 14 millones de dólares, se pagaría en efectivo en un plazo de tres años y el resto con petróleo. Estas propiedades representaban el 40% de la inversión petrolera norteamericana y el 15% de el total. La Standard Oil desató entonces una ola de propaganda con el fin de impedir que el petróleo que se recibiera como parte de la indemnización entrase a los Estados Unidos. No obstante México se mostró dispuesto a concretar arreglos similares con el resto de las empresas afectadas. Definitivamente la barrera había sido franqueada.

Hacia 1941 el periodo del presidente Cárdenas tocaba a su fin, al igual que el del embajador Daniels , por lo que éste último urgió al presidente Roosevelt a dar una solución definitiva al problema . El 27 de Septiembre tuvo lugar una reunión de Cordell Hull y los directores petroleros. El secretario de Estado insistió en que el interés nacional exigía una solución inmediata al problema, aunque tuvieran que hacerse concesiones.

Los líderes del grupo petrolero, no mostraron ninguna comprensión y recalcaron su decisión de perder las propiedades de su compañía en México antes que sacrificar el principio en que se asentaban sus derechos de propiedad.

El acuerdo de noviembre de 1941 liquidó el conjunto de reclamaciones generales aún pendientes, concedió un préstamo a México, así como un nuevo contrato para compra venta de plata. Este acuerdo se conoció como el Good Neighbor Agreement.

El gobierno mexicano de manera informal, dio a conocer sus propios cálculos sobre el monto adecuado: Tomando en cuenta la deducción de ciertas deudas que estás tenían con el fisco y con los obreros, México se consideraba obligado a indemnizarlas por un total de 40 208 813 dólares. Sin embargo las empresas insistían en la indemnización inmediata que debería tomar en cuenta el valor del petróleo en el subsuelo, según sus cálculos, una suma aproximada de mil millones de dólares.

Ante el conflicto en Europa, el departamento de Estado y el gobierno de Washington empezaron a dar muestras de una menor hostilidad. Se propuso el nombramiento de una comisión intergubernamental que acordase el monto y forma de pago de los bienes expropiados.

La presión de la Segunda Guerra Mundial junto con el precedente sentado por el arreglo sobre la indemnización a los propietarios norteamericanos afectados por la reforma agraria permitieron que en 1942 se llegara finalmente a concretar un acuerdo sobre la forma y el monto que habría de tener la indemnización.

Los términos de este arreglo fueron obra de una comisión mixta, a cuyo frente se encontraron un representante norteamericano y otro mexicano. El 17 de Abril de 1942 esta comisión asignó un valor de 24 millones de dólares a los bienes de las compañías petroleras que del total, un tercio fuese pagado el 1° de junio y el resto en los cinco años siguientes.

Hull informó a las compañías que no tenían obligación de aceptar los términos del acuerdo, pero debían saber que de ahí en adelante no contarían con apoyo oficial.

El gobierno mexicano se comprometió a pagar a las compañías petroleras norteamericanas treinta millones de dólares.

Otro aspecto que presionó a Estados Unidos por un doble motivo a buscar arreglo de sus diferencias con México, aún a costa de renunciar a puntos largamente defendidos, fue el conflicto mundial. En primer lugar, el deseo de impedir un resquebrajamiento en la unidad hemisférica, y en segundo, la necesidad de cierta colaboración militar y económica entre México y los Estados Unidos, para controlar el canal de Panamá. Particularmente para que los aviones norteamericanos en vuelo hacia el canal pudiesen contar con bases en México.